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Ses origines se confondent avec celles de l'Abbaye royale de Sainte-Geneviève : d'abord simple chapelle dans une crypte, cette église paroissiale accolée au mur nord de sa voisine date de 1222. Devenue insuffisante pour la plus grosse paroisse de l'université, son choeur et son clocher sont rebatis à partir de 1492. La première pierre de la façade occidentale est posée par Marguerite de Valois en 1610, et la dédicace célébrée le 15 février 1625 par Jean-François de Gondi, 1er archevèque de Paris. Elle possède le seul jubé monumental (1545) et le plus ancien buffet d'orgues de Paris (1631). un fragment dela chasse de Ste Geneviève, patronne de la ville, et un remarquable ensemble de vitraux (du XVIe - XVIIe siecle) dus à la générosité de ses paroissiens. Consacrée en temple de la piété sous la révolution, restaurée sous le second empire par Baltard, elle est le théatre, le 3 janvier 1857, de l'assassinat de l'archevèque de Paris, Monseigneur Sibout par le prètre interdit Jean Werger.